Em relação ao ecocardiograma transesofágico (ETE), o diagnóstico diferencial de vegetações provenientes da endocardite infecciosa (EI) ocorre em estruturas naturais, como o espessamento, a degeneração e a cordoalha valvar, e em estruturas nodulares, encontradas sobretudo em valva aórtica nativa, como as excrescências de Lambl e os nódulos de Arantius. Dificuldade maior encontra-se na diferenciação morfológica de pequenas vegetações e de fios de sutura cirúrgica ou de estruturas denominadas filamentos de fibrina.
Segundo a American Heart Association e a SEC, não é recomendado o acompanhamento ecocardiográfico do paciente com diagnóstico de EI após tratamento clínico, com o intuito de avaliar a função cardíaca, a morfologia e a função valvar.
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