O cultivo de espécies nativas na piscicultura apresenta diversas vantagens. Assim, podemos citar:
Elevada vantagem competitiva em ambiente natural, menor variabilidade genética, rápido crescimento somático, maior risco de impacto ambiental proveniente de escapes.
Existência de adaptação às condições climáticas regionais, tanto no que diz respeito à capacidade de ingestão de alimentos em baixa temperatura, como na resistência a agentes causadores de doenças, a base da dieta natural consiste de alimentos de origem autóctone, maior variabilidade na formação de plantel de reprodutores e hábito da população de consumo dos peixes na região.
Espécies com pequeno potencial invasor, hábito alimentar adaptado à alimentação artificial, dificuldade na formação de banco de reprodutores e espécies com pouca aceitação de mercado.
Espécies pouco adaptadas às condições locais, baixa resistência à doenças e predadores, dieta baseada em alimentação artificial e carne de alta qualidade nutritiva.
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