Assim como acontece no ser humano, os organismos aquáticos podem ver-se atacados por uma série de agentes patogênicos, desde os mais simples até os mais complexos. Assim quais são esses agentes:
Fungos, bolores, leveduras, nematóides e agentes intracelulares.
Ascídias, esponjas, cnidários e microcrustáceos.
Vírus, bactérias, riquétsias e clamídias, fungos, protozoários, parasitas complexos (metazoários; vermes e crustáceos).
Bactérias, bastonetes, macroinvertebrados, esporos e ovos de resistência.
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