Atualmente, os Centros Acadêmicos existentes na estrutura organizacional da UEPA são:
A) Centro de Filosofia, Ciências Humanas e Educação CFCHE; Centro de Ciências Biológicas e da Saúde - CCBS; Centro de Ciências e Tecnologia CCT.
B) Centro de Ciências Naturais e Tecnologia CCNT; Centro de Ciências da Saúde CCS; Centro de Educação e Ciências Sociais CECS.
C) Centro de Ciências Sociais e Educação - CCSE; Centro de Ciências da Sociedade CCS; Centro de Ciências Biológicas e da Saúde CCBS.
D) Centro de Ciências Biológicas e da Saúde - CCBS; Centro de Ciências Sociais e Educação - CCSE; Centro de Ciências Naturais e Tecnologia - CCNT.