No exercício clínico, o psicopedagogo deve reconhecer a sua própria subjetividade na relação, pois se trata de um sujeito estudando outros sujeitos. Essa inter-relação de sujeitos, em que se impede a aprendizagem, implica uma temática muito complexa. Para Alicia Fernández, esse saber só é possível com uma formação orientada sobre três pilares:
A) Prática Clínica (individual, grupal e familiar) em instituições educativas e de saúde, construção teórica permeada pela prática e tratamento psicopedagógico-didático.
B) Prática Clínica e preventiva, construção teórica enfatizando as teorias de aprendizagem, com enfoque no fracasso escola e atividades didáticas em grupos operativos.
C) Pratica Clínica (em grupos terapêuticos), construção teórica permeada pela literatura da neuro-psicopedagogia e tratamento analítico.
D) Prática Clínica (família e grupos operativos), construção teórica com base orgânica e cultural e atividades psicopedagógico-didático.
E) Prática Clínica, desenvolvimento de metodologias que melhor atendam aos portadores de necessidades especiais, construção teórica permeada pela teoria da personalidade e tratamento psicopedagógico-didático.