Para garantir a qualidade, segurança e eficácia da produção dos medicamentos manipulados, a farmácia de manipulação deve seguir o manual de Boas Práticas de Manipulação em Farmácias (BPMF), fazendo com que a empresa possua uma norma a ser seguida. Entre os documentos exigidos em uma farmácia de manipulação estão:
A) Licença de aterro classe I com condicionantes e Certidão de Regularidade Técnica (CRT).
B) Procedimentos Operacionais Padrão (POP) atualizados e Cadastro técnico federal emitido pelo Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e dos Recursos Naturais Renováveis (IBAMA).
C) Cadastro Técnico Estadual emitido pela Fundação Estadual do Meio Ambiente (FEAM) e Fluxogramas (de receituário, entrada de funcionários, etc.).
D) AFE (Autorização de funcionamento) e Licença de transporte da Superintendência de Limpeza Urbana (SLU) para resíduos comuns e infectantes.
E) Alvará de funcionamento e Licença sanitária.