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São rotineiramente utilizadas como técnicas de purificação de macromoléculas empregadas nos protocolos de purificação em larga escala de ácidos nucleicos vegetais:
precipitação seletiva através de solubilidade diferencial e extração com solventes orgânicos;
extração com solventes orgânicos e cromatografia de peneira molecular;
precipitação seletiva através de solubilidade diferencial e eletroforese de isoeletrofocalização;
cromatografia de troca iônica e cromatografia de peneira molecular.
São características essenciais de um vetor de clonagem a presença de:
um sítio de recombinação, genes para mobilização e sítios únicos de restrição para clonagem;
uma origem de replicação, uma seqüência promotora e um gene de seleção;
uma origem de replicação, um gene de seleção e sítios únicos de restrição para clonagem;
uma origem de replicação, genes para mobilização e um gene de seleção;
uma seqüência promotora, um sítio de recombinação e genes para mobilização.
Os vetores de clonagem que devem ser utilizados, respectivamente, para as seguintes clonagens são:
Situação 1 – Clonagem de um fragmento genômico de 200Kb
Situação 2 – Clonagem de um cDNA de 1Kb
Situação 3 – Clonagem para introdução de um gene no genoma de uma planta
cromossoma artificial de levedura, plasmídeo, vetor binário de T-DNA;
plasmídeo, cromossoma artificial de bactéria, cosmídeo;
vetor Binário de T-DNA, cromossoma artificial de levedura, vetores baseados no bacteriófago Lambda;
bacteriófago Lamba, vetor binário de T-DNA, plasmídeo;
cosmídeo, vetores baseados no bacteriófago Lamba, cromossoma artificial de leveduras.
O sistema Duplo Híbrido (Two-hybrid system) é uma técnica para a identificação e isolamento de genes que vem sendo largamente utilizada para a identificação de novos genes e redes regulatórias. O desenvolvimento desta técnica se encontra baseado na:
interação antígeno-anticorpo;
interação proteína-proteína que ocorre com os fatores de transcrição;
A transformação genética de plantas efetuada pela bactéria de solo Agrobacterium tumefaciens é uma das técnicas mais utilizadas para a transferência de genes para o genoma vegetal. Além de sua utilização para aintrodução de genes de interesse agronômico, esta técnica também pode ser utilizada como uma estratégia para o isolamento e clonagem de genes vegetais, tais como a clonagem através de:
mapeamento;
seleção diferencial (screening diferencial);
bibliotecas subtrativas;
seleção com anticorpos (imuno-screening);
mutagênese insercional.
Trabalhando com o isolamento de um gene de trigo, um pesquisador desenvolveu duas estratégias de clonagem, utilizando como sonda um gene homólogo isolado de plantas de arroz. Na primeira delas, ele utilizou como material inicial o DNA extraído de culturas de células em suspensão de trigo, resultando na obtenção do clone A. Numa segunda abordagem, ele utilizou uma preparação de RNA mensageiro das mesmas células, resultando na obtenção do clone B.
Os clones obtidos serão utilizados para a realização de três experimentos:
Experimento 1 – caracterização dos elementos que regulam a expressão tecidual do gene.
Experimento 2 – expressão do gene em bactérias para purificação da proteína codificada pelo gene isolado.
Experimento 3 – isolamento de genes de proteínas que interagem com a proteína codificada pelo gene isolado através do sistema Duplo Híbrido em leveduras.
Os clones que serão utilizados, respectivamente, para cada um dos experimentos são:
clone A, clone B e clone A;
clone B, clone B e clone A;
clone A, clone B e clone B;
clone A, clone A e clone B;
clone B, clone A e clone B.
Os marcadores moleculares constituem uma importante ferramenta para a análise genômica, tendo apresentado um grande desenvolvimento nos últimos anos. Dentre as mais utilizadas, são consideradas de grande poder de resolução, tendo em vista que são marcadores co-dominantes, as técnicas de:
RAPD e RFLP;
AFLP e SSR;
SSR e AFLP;
RAPD e AFLP;
RFLP e SSR.
Em protocolos de seqüenciamento de DNA a introdução de 7-deaza-citidina é necessária sempre que a seqüência a ser determinada:
for maior do que 400 pares de base;
for rica em nucleotídeos G e C;
apresentar um conteúdo A/T maior que 70%;
estiver muito próxima ao oligonucleotídeo iniciador da síntese;
estiver sendo realizada através do método químico.
São componentes essenciais para uma reação de seqüenciamento através do método de terminação de síntese:
ribonucleotídeos trifosfatados, cloreto de magnésio e formamida;
DNA polimerase, dideoxinucleotídeos trifosfatados e nucleotídeos marcados
formamida, DNA ligase e dideoxinucleotídeos trifosfatados;
cloreto de magnésio, nucleotídeos trifosfatados e ribonucleotídeos marcados
DNA polimerase, ribonucleotídeos trifosfatados marcados e DNA ligase.
O método de seqüenciamento através da terminação de síntese está baseado na incapacidade das enzimas que polimerizam DNA incorporar nucleotídeos após a incorporação de um nucleotídeo modificado, que tem como característica:
apresentar uma substituição do fosfato na posição 5' da desoxiribose por uma hidroxila;
apresentar uma substituição da pentose do desoxiribonucleotídeo por uma hexose;
apresentar apenas um hidrogênio na posição 3' da desoxiribose;
apresentar apenas um átomo de fosfato na posição 5' do nucleotídeo.
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